1978年开办研究生教育的该校,从第一届研究生毕业就设立优秀毕业研究生奖学金。经过近30年的发展,这项奖励制度不断规范,奖励面已经固定为毕业博士生15%、毕业硕士生10%。1995年,广东省教育厅设立了南粤优秀研究生奖学金,该校每年有5%的全日制在校研究生得到了该项奖励。
1997年,该校校友、著名企业家朱拉伊率先在该校设立新南方教学奖励基金,用于奖励优秀教师和包括研究生在内的优秀学生,拉开了社会各界,包括该校教师、校友在该校奖学助校的序幕。到目前为止,这种民间在该校设立的面向研究生的奖助学基金达到了13项,每年用于奖助的金额将近100万元。每年受奖助的近200名研究生,个人获得奖(助)学金最高的达1万元,最低的也有1500元。
在该校设立研究生奖助学金的社会人士或企业单位,60%以上是在该校工作的著名中医学专家和感恩母校、回报母校的校友或者由校友牵线搭桥的著名企业,如邓铁涛非医攻博优秀研究生奖学金、靳瑞(著名针灸专家)优秀博士学位论文奖学金、周岱翰(著名中医肿瘤专家)优秀博士论文奖励金、台湾校友(黄正昌牵头)研究生奖学金、台湾校友(黄正昌牵头)研究生励志助学金、周密(校友)助学金、一方优秀研究生奖学金(由该校校友塗瑶生担任董事长的一方药业有限公司设立)以及上文提到的新南方教学奖励基金。其次是国内著名的传统医药企业,如北京荔博园医药有限公司设立的荔博园研究生奖助学金、河南宛西制药有限公司设立的仲景奖学金、仲景助学金。此外,全球著名的外资大型企业广州宝洁公司和国内著名的服装生产企业广东以纯集团也在该校设立了宝洁研究生奖学金、以纯励志研究生奖助学金。
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