原始社会的性禁忌的第二个表现为乱伦禁忌。直至今日，在人类历史上是否存在过一个较普遍的乱伦现象，在学术界是颇有争议的。对于这个问题，目前没有任何确凿的材料或证据可以说明，学者们往往只能以人与动物相比较。在过去一个很长的时期里，人们一般认为，动物无法分辨它们的血亲，所以也无法避免乱伦。但近年对非洲狒狒的研究显示，它们有独特的繁殖系统，事实上排除了乱伦的可能性。其它猿猴也多少有与生俱来的乱伦禁忌，如母猕猴曾避免和它的儿子交配；据珍妮·古道尔的调查研究，黑猩猩也是如此。但长臂猿则不然，公长臂猿有时会和所生的雌猿交配，而母长臂猿有时也会和所生的公猿交配。
那么人类又如何呢？最古老的神话传说似乎表明人类最初曾有一个母子也可以性交的时代。例如古希腊的神话说，在未有宇宙之初，只有一个混沌神和他的妻子黑夜女神统治着，后来他们的儿子黑暗推翻了父亲，娶母为妻，生了两个孩子——光明与白昼。我国海南岛黎族曾经有过这样一个神话故事：远古年代有一个时期天变地迁，灾难突起，人群灭绝，只剩了母子两人。上帝降旨，令其母面刺花纹，使子不能识而结为夫妇，又蕃衍人类于世界。
马克思指出：神话“是已经通过人民的幻想用一种不自觉的艺术方式加工过的自然和社会形式本身”。那么乱伦现象在原始初民中很可能是存在的。
但是，通过长期的生活实践人们逐渐认识到，血统很近的男女性交所生的孩子体质孱弱、畸形儿弱智儿比例大大增加，而且夭折率很大，神话传说中伏羲、女娲兄妹成婚竟生下一个肉团，也含有这方面的意思。在生产力低下、生产力几乎完全体现为人的数量与人的体力的情况下，繁殖人口与增强体质是使原始群生存、发展的关键。为了这个目的，乱伦禁忌，即禁止血缘关系很近的男女性交，就出现了。
这种性禁忌的出现，经过了一个漫长的发展过程，如前所述，最初是禁止父母辈和子女辈的性交，以后又进一步禁止兄弟姐妹之间的性交，再以后还有一些其它的限制，如禁止同姓人之间的性交关系，违者也要被严厉惩罚，直至处死，因为他危害了集体。如果说，实行生产上的性禁忌有利于保持良好的社会秩序，有利于这一代人的生存，那么，实行乱伦禁忌就有利于优生，有利于种的蕃衍。从总的看来，这是一种文化的发展与进步。乱伦禁忌的实施也是由于自然选择的结果，那些严格实行乱伦禁忌的群体，后代的体质强健，生产力提高，这个群体就日益兴旺发达；反之，就日益归于淘汰和灭亡。[TH:PAGE]
这种性禁忌，一直延续到后世，延续到现代，以习俗、道德、法律的形式固定下来。例如《国语·晋语》中就说：“娶妻避其同姓，畏乱灾也。”当然，古人如同姓，多有较近的血缘关系，而今人则不同了。后世的许多朝代也明订法典，规定对乱伦的处罚，如《唐律疏议》卷二十六《杂律》说：“诸奸父祖妾、伯叔母、姑姊妹、子孙之妇、兄弟之女者，绞，即奸父祖所幸婢，减二等（谓徒三年）。”可见处罚是很重的。
这种性禁忌还反映在近代的一些民谣中，如江西赣南民谣：
日头一出晒瓦檐，
本族老妹晤要连（恋）；
若是一日捉得到，
绳捆上架无人前。
有首广东沿海民谣说：
门前探（架）有八字桥，
本姓妹子晤好嫖；
若然眼瞎（调戏）亚倒，
哩（这）下性命就难饶。
